BLAST 全名 Basic Local Alignment Search Tool ,是一種用來對比對序列一級結構,在蛋白質 database 或 DNAdatabase 中進行相似性的比較。 10/12 日的課堂介紹了 NCBI 提供的 BLAST 工具中的 BLASTn 、 BLASTp 、 BLASTx 以及 primer-BLAST 。 〝 The program compares nucleotide or protein sequences to sequence databases and calculates the statistical significance of matches. BLAST can be used to infer functional and evolutionary relationships between sequences as well as help identify members of gene families. 〞 Standard Nucleotide BLAST (Blastn) Blastn 用於比對核甘酸序列 (nucleotide vs nucleotide) ,內有三種功能 l Megablast : intra-species comparison, sequence identification l Discontiguous megablast : cross-species comparison, searching with coding sequences l blastn: searching with shorter queries, cross-species comparison 我以 cloning 所得的 16s rDNA 片段,經過定序得出之序列作練習。 Blastn 的頁面可以分為三個區塊: Enter Query Sequence 、 Choose Search Set 以及 Pr
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