SPECIAL TOPICS ON MOLECULAR BIOLOGY INFORMATION RESOURCES

Phylogenetic analysis 今日授課內容主要以親緣樹的繪製實際演練為主 。 1.        Bioedit : 將序列匯入後進行 ClustalW multiple alignment 將結果儲存成 Phylip4.0 格式 將檔案命名為 infile, 並將附檔名刪掉 , 將檔案放入 exe 資料夾中 ( 與各程式執行黨同個資料夾 ) 2.       Bootstrap : Replicate 設定成 100, random number 須為單數 ( 設為 1) 經程式執行後得一 outfile 檔案 , 將此 outfile 檔案再重新命名成 infile 後才可被下個程式讀取 3.       Proptars : 將 Multiple data sets 修改為 100 , Number of times to jumble 改為 1 得一 file 叫做 outtree 4.       Consense : 將上步驟所得之 outtree 改名為 intree 後即可被此程式讀取 , run 完此程式得一檔案名為 outree 5.       用 Tree ViewX 檢視 tree

BLAST 全名 Basic Local Alignment Search Tool ，是一種用來對比對序列一級結構，在蛋白質 database 或 DNAdatabase 中進行相似性的比較。 10/12 日的課堂介紹了 NCBI 提供的 BLAST 工具中的 BLASTn 、 BLASTp 、 BLASTx 以及 primer-BLAST 。 〝 The program compares nucleotide or protein sequences to sequence databases and calculates the statistical significance of matches. BLAST can be used to infer functional and evolutionary relationships between sequences as well as help identify members of gene families. 〞 Standard Nucleotide BLAST (Blastn)                                                                                              Blastn 用於比對核甘酸序列 (nucleotide vs nucleo...

在環境工程的領域中 , 含氮物質是廢水處理最主要的目標汙染物之一 . 透過生物處理程序 , 有機氮裂解為氨氮 , 而後被微生物氧化為亞硝以及硝酸 . 此過程稱之為硝化作用 . 硝化作用傳統上是經由兩類不同類型的微生物所執行的二階段反應 . 首先 , 銨被 Ammonia oxidizing bacteria / archaea (AOB / AOA) 氧化成亞硝 , 接著亞硝進一步被 Nitrite oxidizing bacteria 氧化成硝酸 .  在 AOB 中 , AMO ( ammonia monooxygenase ) 催化氨的好氧氧化生成 Hydroxylamine. 在本篇網誌中將使用課程所介紹的 NCBI 以及 ProK 來了解 AMO 這個蛋白質從核酸序列、基因到蛋白質的一些資訊。 首先 , 從 NCBI 首頁左欄 all resourse 可以看到所有資料庫的簡述 l    Nucleotide Database : 集合了來自各種不同資料庫的核酸序列 A collection of nucleotide sequences from several sources l    GenBank : The NIH genetic sequence database, an annotated collection of all publicly available DNA sequences. l    Gene : A searchable database of genes, focusing on genomes that have been completely sequenced and that have an active research community to contribute gene-specific data. Information includes nomenclature, chromosomal localization, gene products and their attributes (e.g., protein interactions), associa...