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Phylogenetic analysis (2017/10/26)

Phylogenetic analysis

今日授課內容主要以親緣樹的繪製實際演練為主。


1.       Bioedit : 將序列匯入後進行ClustalW multiple alignment

將結果儲存成Phylip4.0格式



將檔案命名為infile, 並將附檔名刪掉, 將檔案放入exe資料夾中(與各程式執行黨同個資料夾)

2.      Bootstrap :

Replicate 設定成100, random number須為單數 (設為1)
經程式執行後得一outfile檔案, 將此outfile檔案再重新命名成infile後才可被下個程式讀取

3.      Proptars :

將Multiple data sets修改為100 , Number of times to jumble改為1

得一file叫做outtree

4.      Consense : 將上步驟所得之outtree改名為intree後即可被此程式讀取, run完此程式得一檔案名為outree

5.      用Tree ViewX檢視tree

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