miRBase: a searchable database of published miRNA sequences and annotation.
2. RNALogo : a new approach to display structural RNA alignment
在RNALogo網站去預測stem loop
3. 以RNA22為例來預測 binding site
從predicted targets欄位選擇RNA22-HSA:hsa-miR-1-3p
從選單中選取一Gene ID : ENSG00000025800
至NCBI中取得此基因序列, 將miRNA序列與目標基因序列輸入 " RNA22 v2 microRNA target detection " 中
miRNA序列 :
最後得到Binding的位置以及鍵結方式
1. miRNA sequence
點入browse頁面, 選擇Homo sapiens miR-1-1 stem-loop
本頁面含有此miRNA的基本資訊
點選stem-loop處的get sequence按鈕可得此miRNA序列的fasta檔案
>hsa-mir-1-1 MI0000651 UGGGAAACAUACUUCUUUAUAUGCCCAUAUGGACCUGCUAAGCUAUGGAAUGUAAAGAAGUAUGUAUCUCA
2. RNALogo : a new approach to display structural RNA alignment
在RNALogo網站去預測stem loop
3. 以RNA22為例來預測 binding site
從predicted targets欄位選擇RNA22-HSA:hsa-miR-1-3p
從選單中選取一Gene ID : ENSG00000025800
至NCBI中取得此基因序列, 將miRNA序列與目標基因序列輸入 " RNA22 v2 microRNA target detection " 中
miRNA序列 :
>hsa-miR-1-3p MIMAT0000416 UGGAAUGUAAAGAAGUAUGUAU
最後得到Binding的位置以及鍵結方式
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