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miRNA binding site prediction (2017/11/16)

miRBase: a searchable database of published miRNA sequences and annotation.


1. miRNA sequence

點入browse頁面, 選擇Homo sapiens miR-1-1 stem-loop

本頁面含有此miRNA的基本資訊
點選stem-loop處的get sequence按鈕可得此miRNA序列的fasta檔案

>hsa-mir-1-1 MI0000651
UGGGAAACAUACUUCUUUAUAUGCCCAUAUGGACCUGCUAAGCUAUGGAAUGUAAAGAAGUAUGUAUCUCA









2. RNALogo  : a new approach to display structural RNA alignment



在RNALogo網站去預測stem loop

































































3. 以RNA22為例來預測 binding site



從predicted targets欄位選擇RNA22-HSA:hsa-miR-1-3p































從選單中選取一Gene ID : ENSG00000025800



































至NCBI中取得此基因序列, 將miRNA序列與目標基因序列輸入 " RNA22 v2 microRNA target detection " 中



miRNA序列 :


>hsa-miR-1-3p MIMAT0000416
UGGAAUGUAAAGAAGUAUGUAU

































最後得到Binding的位置以及鍵結方式









































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