跳到主要內容

NGS for prokaryote (2018/01/04)


RAST (Rapid Annotation using Subsystem Technology) is a fully-automated service for annotating complete or nearly complete bacterial and archaeal genomes. It provides high quality genome annotations for these genomes across the whole phylogenetic tree.



做annotation的online tool















SEED viewer













不在此系統中的滿多的



Genome alignment













只能一對一















與此genome最相似的strain














補whole genome的gap : PCR抓gap去定序



從NCBI抓一條序列進去試試看













Jettenia 是厭氧氨氧化菌中的一屬 , 之前從實驗室運行中的自營除氮反應槽中抽取DNA做16s rDNA cloning有取得此屬之序列

















Upload了一個genome進去, 可是不知道要怎麼進行後續的annotation






留言

張貼留言

這個網誌中的熱門文章

序列比對 - BLAST

BLAST 全名 Basic Local Alignment Search Tool ，是一種用來對比對序列一級結構，在蛋白質 database 或 DNAdatabase 中進行相似性的比較。 10/12 日的課堂介紹了 NCBI 提供的 BLAST 工具中的 BLASTn 、 BLASTp 、 BLASTx 以及 primer-BLAST 。 〝 The program compares nucleotide or protein sequences to sequence databases and calculates the statistical significance of matches. BLAST can be used to infer functional and evolutionary relationships between sequences as well as help identify members of gene families. 〞 Standard Nucleotide BLAST (Blastn)                                                                                              Blastn 用於比對核甘酸序列 (nucleotide vs nucleo...
張貼留言
閱讀完整內容

Protein structure database (2017/11/30)

1130 Protein structure database  課程重點 1.           Protein tool ExPASy 2.           Protein structure database 3.           Structure visualization tool PyMol 4.           Homology modeling 要做的練習 1.           BLAST : proteomic blast 2.           計算 PI 以及 MW : proteomics – function analysis 3.           Protein sequence alignment : proteomics – ClustalW (NS1 file) 4.           Protein similarity search : proteomics FASRR/SSERACH/ 5.           Prediction of secondary structure : proteomics-protein strictire-PROF 6.       ...
張貼留言
閱讀完整內容

從序列、基因到蛋白質 — 生物資訊資料庫的介面與基本使用，以amoA基因為例

在環境工程的領域中 , 含氮物質是廢水處理最主要的目標汙染物之一 . 透過生物處理程序 , 有機氮裂解為氨氮 , 而後被微生物氧化為亞硝以及硝酸 . 此過程稱之為硝化作用 . 硝化作用傳統上是經由兩類不同類型的微生物所執行的二階段反應 . 首先 , 銨被 Ammonia oxidizing bacteria / archaea (AOB / AOA) 氧化成亞硝 , 接著亞硝進一步被 Nitrite oxidizing bacteria 氧化成硝酸 .  在 AOB 中 , AMO ( ammonia monooxygenase ) 催化氨的好氧氧化生成 Hydroxylamine. 在本篇網誌中將使用課程所介紹的 NCBI 以及 ProK 來了解 AMO 這個蛋白質從核酸序列、基因到蛋白質的一些資訊。 首先 , 從 NCBI 首頁左欄 all resourse 可以看到所有資料庫的簡述 l    Nucleotide Database : 集合了來自各種不同資料庫的核酸序列 A collection of nucleotide sequences from several sources l    GenBank : The NIH genetic sequence database, an annotated collection of all publicly available DNA sequences. l    Gene : A searchable database of genes, focusing on genomes that have been completely sequenced and that have an active research community to contribute gene-specific data. Information includes nomenclature, chromosomal localization, gene products and their attributes (e.g., protein interactions), associa...
張貼留言
閱讀完整內容