miRBase: a searchable database of published miRNA sequences and annotation. 1. miRNA sequence 點入browse頁面, 選擇Homo sapiens miR-1-1 stem-loop 本頁面含有此miRNA的基本資訊 點選stem-loop處的get sequence按鈕可得此miRNA序列的fasta檔案 >hsa-mir-1-1 MI0000651 UGGGAAACAUACUUCUUUAUAUGCCCAUAUGGACCUGCUAAGCUAUGGAAUGUAAAGAAGUAUGUAUCUCA 2. RNALogo : a new approach to display structural RNA alignment 在RNALogo網站去預測stem loop 3. 以RNA22為例來預測 binding site 從predicted targets欄位選擇RNA22-HSA:hsa-miR-1-3p 從選單中選取一Gene ID : ENSG00000025800 至NCBI中取得此基因序列, 將miRNA序列與目標基因序列輸入 " RNA22 v2 microRNA target detection " 中 miRNA序列 : >hsa-miR-1-3p MIMAT0000416 UGGAAUGUAAAGAAGUAUGUAU 最後得到Binding的位置以及鍵結方式
RAST (Rapid Annotation using Subsystem Technology) is a fully-automated service for annotating complete or nearly complete bacterial and archaeal genomes. It provides high quality genome annotations for these genomes across the whole phylogenetic tree. 做 annotation 的online tool SEED viewer 不在此系統中的滿多的 Genome alignment 只能一對一 與此 genome 最相似的 strain 補 whole genome 的 gap : PCR 抓 gap 去定序 從 NCBI 抓一條序列進去試試看 Jettenia 是厭氧氨氧化菌中的一屬 , 之前從實驗室運行中的自營除氮反應槽中抽取DNA做16s rDNA cloning有取得此屬之序列 Upload 了一個 genome 進去 , 可是不知道要怎麼進行後續的 annotation